（1）生物安全柜
生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。
（2）高壓蒸汽滅菌鍋
高壓蒸汽滅菌鍋是個密閉的、可以耐受定壓力的雙層金屬鍋。鍋層或夾層內盛水，當水在鍋內沸騰時由于蒸汽不能逸出，使鍋內壓力逐漸升高，水的沸點和溫度可隨之升高，從而達到高溫滅菌的目的。般在0.11MPa的壓力下，121℃滅菌20-30分鐘，包括芽孢在內的所有微生物均可被殺死。如果滅菌物品體積較大，蒸汽穿透困難，可以適當提高蒸汽壓力貨延長滅菌時間。
（3）培養箱
培養箱是培養微生物的專用設備。制熱式培養箱是由電爐絲和溫度控制儀合成的固定體積的恒溫培養裝置，大小規格不。微生物實驗室常用的培養箱工作容積有70L或150，適用于室溫至60℃之間的各類微生物培養。
（4）干燥箱
干燥箱是用于出去潮濕物內及器皿內外水分或其它揮發性溶液的設備。類型很多，有箱式、滾筒式、套間式等。微生物學實驗室多用箱式干燥箱，大小規格不。
（5）微生物顯微鏡
微生物個體微小，必須借助顯微鏡才能觀察清楚它們的個體形態和細胞結構。因此，在微生物學的各項研究中，顯微鏡就成為不可缺少的工具。
顯微鏡的種類很多，根據其結構，可以分為光學顯微鏡和非光學顯微鏡兩大類。簡單的單式顯微鏡即放大鏡（放大倍數常在10倍左右），構造復雜的單式顯微鏡為解剖顯微鏡（放大倍數在200左右）。在微生物學的研究中，主要是復式顯微鏡。其中以普通光學顯微鏡（明視野顯微鏡）為常用。
（6）搖床
搖床又稱搖瓶機，它是培養好氣性微生物的小型試驗設備或作為種子擴大培養之用，常用的搖床有往復式和旋轉式兩種。往復式搖床的往復頻率般在80-140次/分鐘，沖程般為5-14厘米，如頻率過快、沖程過大或瓶內液體裝量過多，在搖動時液體會濺到包扎瓶口的紗布或棉塞上，導致雜菌污染，特別是啟動時更容易發生這種情況。
（7）均質機
食品加工中的均質機的應用：食品加工中的均質機是指將物料的料液在擠壓、強沖擊與失壓膨脹的三重作用下使物料細化，從而使物料能更均勻的相互混合，比如奶制品加工中使用均質機使牛奶中的脂肪破碎的更加細小，從而使整個產品體系更加穩定。牛奶會看起來更加潔白。均質主要通過均質機來進行的。是食品、乳品、飲料的行業的重要加工設備。
除了以上常用設備，實驗室還會用到分光光度計、水浴鍋、PH計、離心機、快速檢測設備、常用玻璃儀器等。
